Ci sono tante malattie che possono rovinare la cornea. Principalmente si hanno alterazioni che determinano perdita della trasparenza oppure modifiche di curvatura che possono determinare progressivamente un deficit visivo permanente. Le patologie più diffuse sono il cheratocono e la cornea guttata o distrofia di Fuchs; a queste vanno aggiunte anche le cicatrici o opacità post infettive.
In queste malattie la cornea si rovina in maniera progressiva; nel cheratocono la cornea si assottiglia assumendo una forma appuntita, di conseguenza la vista diventa più distorta e sempre più sfocata.
Con la distrofia di Fuchs, invece, quello che si rovina è lo strato più interno chiamato endotelio, la cornea si gonfia, diventa sempre più spessa e la vista sempre più appannata.